沉淀
在河流的静止水域中，工业废水和生活垃圾中的有机物质会被微生物分解，产生大量的腐殖酸。这些酸性物质会与土壤中的碱性矿物反应，形成沉淀。在河床上，这些沉淀层不仅影响了水体的透明度，还可能导致鱼类栖息地的丧失。当雨季来临时，这些沉淀会随着洪水被冲刷到下游地区，不仅增加了下游地区对污染物负担，还可能造成河道堵塞。
渗透
地下水是地球上最广泛分布的一种自然资源，但其也面临着严重的污染威胁。工业废弃液体、农药残留以及城市排放的废水等都有可能渗入地下层。这一过程通常是无孔洞可言，即便是在没有显著裂缝的情况下，也能通过岩石和土壤的小孔隙进行传递。长期以来，一部分居民因饮用含有高浓度重金属或其他有害物质的地下自来水而受到健康威胁。
浮游
浮游生物，如藻类，是许多淡水生态系统中不可或缺的一部分，它们可以直接从湖泊表面的藻华中捕捉光合作用所需的大量阳光能量。但当环境因素（如温度、pH值和营养盐含量）发生变化时，它们就会迅速繁殖并形成巨大的藻华，以此作为适应环境压力的方式。然而，当这种现象持续发生并且变得普遍时，就很容易引发“蓝藻”爆发，对人畜健康构成严重威胁。此外，由于它们吸收过多氧气，有时候还会使得湖泊甚至死掉所有生命，从而形成“死区”。
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