环境保护局：作为主管部门，环境保护局负责制定和实施农村排污水治理政策，对排污企业进行监督检查，并对违法行为进行处罚。同时，环境保护局还要与其他相关部门协调联动，加强信息共享，提高整体的治理效率。
水利部：在农村地区尤其重要的是水利设施的建设和维护，这是防止农业废水直接进入河流、湖泊的关键。水利部负责引导和支持各地加强灌溉系统的改造升级，以及修建或改善农田排涝设施，以减少农业废水对地下水资源的影响。
农业委员会：作为执行主要力量，农业委员会需要推广先进节约用水技术，为农民提供技术指导，让他们学会合理使用肥料和化肥，同时通过示范基地普及绿色种植模式，如有机养殖等，以减少化学物质对环境造成的负面影响。
城乡一体化规划办公室：城乡一体化发展不仅涉及经济社会领域，也包括环保方面。该办公室需与当地政府共同制定城市周边区域的一体化规划，将城市工业区、居民区、道路网络等与自然生态系统相结合，优化土地利用结构，有助于有效处理并控制污染物排放。
地方政府及其派出机构：地方政府应建立健全农村生活垃圾分类收集体系，并配套完善转运处理设施。这要求地方政府在财政预算中安排专项资金用于提升基础设施，如垃圾填埋场或生物气母厂等项目，同时加大宣传力度，让居民理解并积极参与到分类回收工作中来。
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