废水经过一级或二级处理后，水质得到了显著提升，但细菌的绝对值仍然相当可观，并且可能含有病原体。因此，在排入水体之前，必须进行消毒处理。
一、消毒剂选择
当前，由于氯化法在消毒过程中会产生有害物质，对健康不利，这是因为氯与水中的有机物发生反应，同时存在氧化和取代作用。氧化作用可以帮助去除有机物，而取代作用则导致氯与有机物结合形成了具有致突变或致癌性质的卤化物。在美国、德国、加拿大、日本等国家都规定了THMS的最大浓度限值，以及其他国家对于此类污染物的限制标准。而我国《生活饮用水卫生标准》也明确规定了氯仿的上限。
为了减少这些副产品的生成，废水消毒需要恰当控制投放量，并采用替代性的消毒剂，如二氧化氯、臭氧和紫外线辐射等。此外，还有一种思维导图可以帮助初步确定应该使用哪种类型的消毒剂。
二、不同类型的消毒剂
常用的消毒剂包括次氯酸类、二氧化氯、三羧酸盐、二甲基四硫醇（DMDC）以及臭氧和紫外线辐射。次氯酸类主要包括液态及固态形态，如液气型和粉末型，其主要通过HOCl起到杀菌作用。但由于其易与水中的有机物生成 气体而产生问题，因此在应用时需特别注意。
三、新兴技术：臭氧及紫外线曝光
相较于传统方法，这两种新兴技术具备更高效率，可以在短时间内实现有效灭活微生物。但缺点是瞬间效果，不持久，对管道内微生物滋生也有所影响，因此，在回用系统中通常需要再投加一定量的化学药品以保持余氯量，以防止管网末端出现微生物滋生问题。
四、一些常见的问题讨论
氧气的一些特性及其安全措施：
在常压下，黄绿色的气体密度为3.2mg/mL。
有强烈刺激性，对呼吸系统、眼睛及皮肤都能造成伤害。
需要远离热源和火种，加之通风良好并避免日光直射。
进行存储时应遵循严格操作规范，避免泄漏事故发生。
防止中毒措施：
加强工作环境监测，无论何时何地均应戴好防护装备。
建立严格分隔制度，将接触区域与非接触区域彻底隔开。
定期对员工进行培训，让他们了解潜在危险并采取适当预防措施。
液态次氯酸钠（NaOCl）的注意事项：
使用前需检查是否存在泄漏迹象，以确保安全使用。
开启瓶盖前需先缓慢旋转阀门至半开，然后再逐渐打开以释放过剩压力，并通过10%NaOH溶液检测是否出油迹象。如果发现泄漏情况，要立即关闭阀门并清理现场以避免进一步扩散危险现象。
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