缺乏经济激励导致环境保护成本高企
在没有加强生态补偿制度的情况下，企业和个人往往对环境保护的投入不足，因为缺乏有效的经济激励机制。这种情况下，企业更倾向于追求短期利益，而忽视长期环境损害，这种行为模式会使得自然资源被过度开采和破坏，从而造成生态系统的退化。
公众参与难以提高，对绿色消费推广效果有限
生态补偿制度是鼓励公众参与到环境保护中来的重要手段，但如果这一制度不得到加强，那么公众对于环保活动的积极性就会受到限制。没有明确的政策支持和经济回报，人们对绿色产品和服务的需求将不会迅速提升，加剧了绿色消费市场发展缓慢的问题。
政策执行力度不足，法规落地难
当政府没有足够动力去完善或实施生态补偿机制时，便会出现法律规定与实际执行之间存在差距的情况。这意味着那些有意愿进行可持续开发但面临重重障碍的小型企业或者个体户很难获得合理、有效的地理空间利用权，从而影响了整个社会从事环保活动能力。
生物多样性受损，生物安全风险上升
由于缺乏适当措施来维护生物多样性，不仅会导致特定物种灭绝，还可能引发食物链失衡甚至是全局性的生态危机。在这个过程中，由于人类与自然界之间关系紧密，一些疾病源动物或者毒素来源动物因栖息地丧失而转移到人类居住区域，这增加了公共卫生风险，并威胁到了人的生命安全。
国际合作困难，加大国际竞争压力
全球范围内各国为了应对气候变化等问题正在不断推进低碳发展战略，如果某一国家在国内未能建立起有效的地理空间管理体系，就无法在国际舞台上真正发挥作用。而其他国家通过其良好的土地使用规划、清洁能源技术等方面取得优势，将进一步增强其在全球贸易中的竞争力，为该国带来更多外汇收入，同时也提升了自身在国际政治上的影响力。
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