选择合适的滤膜，关键在于它与所过滤液体（水性溶液、有机溶液或两性溶液）的化学相容性。尼龙膜和亲水PTFE膜，因其广泛的化学相容性，主要应用于HPLC相关的过滤，对水性溶液和有机溶液均可使用。亲水PVDF和PES膜，由于低蛋白吸附特性，主要用于蛋白质溶液的过滤，同时也适用于温和的有机溶剂过滤。而疏水PTFE膜，则因其广泛化学相容性，尤其适用于有机溶剂的过滤。MCE膜则主要应用于水性的流体筛选及分析监测。
具体而言，我们可以看到聚醚砜（PES）型号采用德国进口材料，其高亲水性能以及低蛋白吸附特征，使之特别适合对抗微生物污染的用途。在气体除菌领域，以及处理各种酸碱类和其他有机化合物时，它展现了绝对精度。
聚四氟乙烯（PTFE）型号则分为亲水与疏水两种，其中不论是哪一种，都拥有绝对精度，并且以其广泛化学相容性的特点，是气体除菌以及强酸、碱及多种有机化合物筛选的一个理想选择。
聚偏二氟乙烯（PVDF）型号同样分为亲水与疏水版本，其特点也是绝对精度加上良好的化学稳定性能，使之在气体净化、酸碱类及其各类有机介质中的使用都显得非常理想。
尼龙膜类型又被进一步细分为带电荷纺丝N6+N66两种，有着不同但都是高度纯净级别，可以应付包括含盐、高浓缩等情况下的多种复杂条件下操作需求，并且能进行有效去除颗粒杂质同时确保流动无阻塞问题发生。
至於聚丙烯(Polypropylene, PP)材質則以較為穩定的成本效益著称，並非需要最高純淨級別，但適應範圍廣泛，不論是澄清過濾還是預過濾與颗粒杂质去除皆適用。此外，也有人選擇混合纖維素(Mixed Cellulose Ester, MCE)材質，因為親近於純淨無菌處理要求並具有強大的耐久力支持對環境敏感品質控制的人士需求。此外活性炭纖維(ACF)材質則提供了更進一步的一次深層清洗作用來消除異味、色素與某些重金屬，而玻璃纖維(Glass Fiber, GF)材質則經常用作前置過濾器，以保護後續過濾設備免受大顆粒影響同時確保氣體品質。
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