首先，生态补偿制度在现行法律体系中的定位尚不明确。它既不是环境保护法规的一部分，也未被纳入到国民经济和社会发展规划中。这导致了生态补偿政策缺乏统一指导思想和严格执行力，使得地方政府在实施过程中存在操作空间较大、执行效果参差不齐的问题。
其次，生态补偿资金来源并不稳定。在很多情况下，生态补偿资金来自于中央转移支付或者是通过项目建设获得的额外资金。但这些资金往往有限，而且受财政预算影响，一旦财政压力增大，这些特殊用于生的资源就会被削减，从而影响到生态保护工作的持续性和深度。
再者，当前生态补偿机制缺乏有效激励手段。虽然理论上提供给企业或个人一定程度的经济利益来鼓励他们参与环境保护，但实际操作中这类措施并没有得到充分发挥。由于信息不对称等问题，大多数企业更倾向于追求短期利润，而忽视了长远环境成本，这种现象严重阻碍了绿色发展战略的实施。
此外，公众对于生态补偿制度认识不足，对其重要性的理解还需进一步提高。在没有广泛公众支持的情况下，即便有政策出台也难以真正落地见效。因此，加强宣传教育，对公众进行有效沟通，让更多的人了解到生物多样性保护对人类福祉至关重要这一点，是提升系统运行效率的一个关键步骤。
另外，由于监管体系存在漏洞，使得一些环保费用转嫁给消费者，或是通过非正常渠道流失。此类行为损害了整个社会资源配置效率，并且从根本上破坏了市场秩序，加强监督检查机制，可以有效遏制这种现象发生。
最后，在国际合作方面，我们国家在生物多样性保护领域仍然有一定的依赖关系，与发达国家在技术、资本等方面保持着较为紧密的地位关系。而国内外对于自然资源管理标准、环保科技水平等方面存在差距，这使得我们的生物多样性恢复项目常常无法达到最佳效果，因此需要加强与国际组织及其他国家间的交流合作，以获取最新成果和经验，为推动生物多样性的可持续利用提供更好的支持。
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