选择合适的滤膜，关键在于它与所过滤液体（水性溶液、有机溶液或两性溶液）的化学相容性。尼龙膜和亲水PTFE膜因其广泛的化学相容性，主要应用于HPLC相关的过滤工作，对水性溶液和有机溶液皆可使用。而亲水PVDF和PES膜由于低蛋白吸附特性，主要用于蛋白质溶液的过滤，并且也适用于温和的有机溶剂过滤。疏水PTFE膜则因其广泛的化学相容性，更适合对有机溶剂进行过滤。MCE膜通常用于水性溶料的过滤以及分析监测。
聚醚砜（PES）型滤芯采用德国进口材料，其高亲水性能、低蛋白吸附特点使其在除菌处理中表现出色，而聚四氟乙烯（PTFE）型则分为亲水和疏水两种，以绝对精度为标准，可应用于气体除菌及各种酸碱及有机物质的隔离处理。此外，还有一些其他类型，如聚偏二氟乙烯（PVDF）、尼龙等，它们各具特色，为不同的需求提供解决方案。
最后，不要忘记了聚丙烯、混合纤维素以及活性炭纤维等其他材料，它们虽然精度略逊一筹，但仍然能够满足大部分日常或预先处理任务，比如澄清透明化、颗粒杂质去除以及脱味脱色等功能。在选择时应根据实际需求来决定最佳选项。
