南极帝企鹅正面临前所未有的生存威胁。全球气候变暖导致的海冰融化，严重影响了这只鸟类赖以觅食和繁殖的地理环境。科学家们预测，本世纪末，帝企鹅的数量将会显著下降，而到2100年时，这一减少可能达到19%。其中，最受影响的是居住在三分之二聚居地上的帝企鹅，他们的数量有可能减半。
目前，科学家们主要通过研究阿德利兰这一地区来了解南极帝国企鹅的情况。这片区域是至今为止唯一进行详细研究的地方。而对于其他区域，只能通过从太空中观察留在地面的粪便痕迹来进行大致估计。
美国马萨诸塞州伍兹霍尔海洋研究所的一位名叫哈尔·卡斯维尔(Hal Caswell)的人和他的同事们使用来自阿德利兰的数据，对60万只帝国企鹅的未来做出了预测。他们发现，如果冰层过多，帝企鹅将不得不远离其聚居地去寻找食物；而如果冰层过少，则意味着食物资源的大幅减少。
根据卡斯维尔团队模型的计算，大约2040年之前，大部分聚居地上的帝国企鹅数量仍然会增加，但随后由于海冰加速融化，这一趋势很快就会逆转，从而导致总体数额出现回落。此外，由于种群数量可能会受到破坏，如果这些地方被破坏，那么对它们来说将是一个毁灭性的结果。
尽管如此，有些专家认为虽然全球变暖确实对帝国企鹅产生了负面影响，但他们相信种群数量下降速度可能不会像卡斯维尔模型那样迅速。这是因为这些鸟类具有适应环境变化的一定的能力。
美国教育项目“企业科研”的大卫·爱恩利(David Ainley)指出：“(卡斯维尔团队的)模型假设每一个计划都是一座封闭的小镇，没有相互之间流动。”然而，如果能够自由迁移到新的地点，那么生存机会就变得更高了。而据明尼苏达大学圣保罗分校迈克尔·拉鲁(Michelle LaRue)所做的一项研究表明，即使在过去三年里，也有六次没有返回原先繁殖地点的情形发生。她表示：“每个年的聚居点都在变化，所以应该允许它们迁移到其他地方。”
拉鲁还发现了一处位于南极半岛上的新的帝国企鹅繁殖地点，她说：“我们已经证明（该鸟）可以在不同的地点建立新家庭。”
