经济负担过重
生态补偿制度旨在对自然资源和生态服务提供报酬，以鼓励可持续发展。然而，实际执行过程中，许多企业和个人面临着巨大的经济负担。这是因为补偿金额往往高于市场价格，而且还要考虑到操作成本、管理成本等，这些额外费用会进一步增加企业的财务压力。例如，一项大型环境修复项目可能需要数百万元甚至上亿元人民币，而这样的投入对于许多小型或中型企业来说几乎不可承受。
法律法规不完善
尽管中国政府已经出台了一系列关于生态补偿的政策和法规，但这些措施在实践中仍然存在很多漏洞。首先，相关法律条文不够具体，不利于明确规定补偿标准；其次，监管部门在执行过程中的监督力度不足，有时候难以保证资金被合理使用。此外，由于地方保护主义现象普遍存在，上级政府对于地方政府实施有效监督也是一大挑战。
信息不对称问题
在生态补偿机制中，信息不对称问题是一个常见的问题。一方面，大多数受益者（如农民）缺乏足够的知识和技术来评估自己的土地价值，因此很难准确地表达自己的需求；另一方面，对资源进行开发的人员通常掌握了更多关于市场价值和资源潜力的信息，从而能够更好地利用这一优势来获得更高的收益。
社会认知水平低下
社会成员对生态环境保护认识不足，这也是推广并有效实施生态补偿制度面临的一个挑战。当人们没有意识到自身行为影响到的环境后果时，他们就不会积极参与到保护行动中去。而且，即使有意愿，也可能因为缺乏专业知识而无法正确理解如何通过参与生态建设来获取长远利益。
政策稳定性不足
为了让任何形式的人为干预都能产生积极效果，最好的情况是可以将政策保持一致且长期化。但现实情况是，每当政治格局发生变化或者新的政策出现时，都会引发前期成果的大规模破坏。这导致了投资者信心下降，进而减少了他们愿意投入至此类项目中的热情。
