实施成本高昂
生态补偿制度的设立旨在鼓励企业和个人保护自然资源，减少环境污染。然而，这一制度的实施往往面临巨大的经济压力。首先，评估环境损害和计算补偿金额需要专业知识和复杂流程，这就增加了行政成本。其次，对于小型企业或个体户来说，支付巨额的生态补偿费用可能会导致他们破产甚至关门大吉，从而对整个产业链造成影响。此外，不同地区、不同行业对环境保护的要求不同，其所需的生态补偿标准也应有差异，但现实中却难以精确量化。
信息不对称问题
在市场经济中，信息不对称是常见的问题。在生态补偿体系下，如果企业掌握更多关于环境损害程度和修复措施效果的信息，而政府或监管机构则缺乏足够的情报，就容易出现权力被滥用的情况。这可能导致一些公司利用手中的优势逃避责任，或是通过投入较少获得较多的地理空间进行修复，从而削弱了整个系统。
法律法规执行困难
尽管有一系列法律法规支持生态补偿，但实际执行过程中仍然存在诸多挑战。例如，在农村地区，由于管理力量薄弱，一些违反规定的大规模开发活动依然得以继续进行。此外，即便有执法部门介入，也可能因为资金短缺、人手不足等原因无法有效地执行相关规定。
公众参与度低
为了保证生态补偿政策真正落地并发挥作用，公众尤其是当地居民应当积极参与其中。不过，由于受教育水平、意识层次以及利益关系等因素影响，大部分民众并不了解自己的权利，也缺乏参与到决策过程中的能力。这使得许多重要的声音未能得到充分听取，有时还会形成抵触或者忽视环保政策的一种群体心理。
政策调整迟缓
由于各种政治、经济考量，以及涉及到的利益集团相互牵连，使得相关政策调整非常缓慢。在这种情况下，当初制定的政策往往已经不能满足日益严峻的地球环境危机，而新的政策又需要经过漫长而曲折的立法程序才能实施，这进一步削弱了整套体系对于提升国家绿色发展水平所起到的促进作用。
