一、经济成本的考量
生态补偿制度的实施，虽然旨在保护环境和促进可持续发展，但其背后隐藏着巨大的经济成本。加强这种制度可能会导致企业和农民的生产成本上升，这将直接影响到他们的利润空间。对于那些依赖于自然资源进行生产的小型企业或家庭来说，加大生态补偿可能是致命打击。
二、政策执行难度
尽管生态补偿制度具有重要意义，但其实施往往面临着诸多挑战。在实际操作中，如何确保每个参与者都能得到公平合理的补偿？如何处理好不同地区之间以及不同行业之间的差异性？这些问题需要通过有效的人力物力投入来解决，而这无疑增加了政府行政负担。
三、法律法规不完善
当前生态补偿机制在法律法规层面存在不足。这使得一些地方政府为了吸引投资而降低标准，或是为了维护当地利益而选择忽视环保要求，从而破坏了整个补偿体系的公平性和统一性。如果没有完善的地方立法支持，任何加强措施都难以持久有效。
四、社会认知缺乏
对生态补偿制度认识不够深刻，是阻碍加强这一制度的一大因素。大众普遍认为只有在极端情况下，如严重环境污染时，才需要进行环境恢复。但是实际上，对于日常生活中不可见但对生态系统有重大影响的问题，如森林退化、生物多样性的减少等，都需要长期且全面的干预。
五、国际合作困难
国际间关于生态保护方面达成的一致意见相对较少，这也限制了国内政策采取更为严格措施的空间。由于全球范围内各国对于环境保护目标和策略存在差异，加强国内生态补偿制度需考虑到与其他国家潜在冲突的情况。此外，由于贸易关系等因素，一些国际压力也可能导致本国政策上的妥协。
六、高层次决策者的风险偏好
高层次决策者的风险偏好同样是一个重要因素。一部分领导人可能更倾向于短期内追求经济增长，而不是长远地牺牲部分增长率来实现可持续发展。这意味着即便有意愿提升现行生的环保标准，他们也会根据自身价值观念作出判断，以确定是否真正采纳更为激进的手段去推动变革。
