生态补偿制度的设计初衷与现实执行存在差距，导致其在实际操作中无法有效发挥作用。例如，生态补偿标准往往低于市场价，这使得企业更倾向于选择支付较少的代替性措施而不是真正进行环境保护。
加强生态补偿制度可能会对企业造成经济压力，从而影响它们的生产和经营活动。长期来看，这种压力可能导致部分企业倒闭，增加失业率，对社会稳定产生负面影响。
在一些地区，由于缺乏良好的监管体系和执法能力，加强生态补偿制度并不能保证资金被正确使用。在没有有效监督的情况下，一些企业可能会将这笔钱用于其他非环保项目，从而打击了生态补偿制度本身的目的。
生态补偿是一种成本上升的手段，它可能引起消费者的购买力下降，进而影响整个经济发展。尤其是在资源匮乏或价格敏感度高的行业，如农业、建筑等，加重了这些行业在高额环保成本下的负担。
不同地区的地理环境、经济发展水平和居民生活习惯各异，因此制定的统一生态补偰政策并不适应所有区域。这就要求地方政府根据自身实际情况制定相应策略，而不仅仅是简单地加强中央层面的政策执行力度。
