生态补偿制度作为一种保护环境、促进可持续发展的手段，近年来在全球范围内得到了广泛的推广和应用。然而，在实际操作中，有些地方政府和企业可能会提出不是加强生态补偿制度，而是进行改革优化的意见，这主要基于以下几个方面：
制度成本高昂
生态补偿制度虽然对于保护自然资源具有重要意义，但其实施过程中的成本往往较高。这包括对受影响地区居民进行经济支持、购买土地或其他资产，以及对环境损害进行修复等费用。在一些财政预算有限或者经济发展水平相对较低的地方，增加额外负担可能会引起民众的不满和反弹。
有效性难以评估
生态补偿政策的一大挑战在于如何确保这些资金得到有效使用。由于缺乏完善的监管机制，一部分资金可能被滥用或者浪费了。此外，即使资金被合理使用，也难以准确衡量其对环境改善带来的长远效益，这使得公众对于这种投资是否值得持有疑问。
可能导致权力集中
如果生态补偿体系过于复杂，其管理层次也就相应地变得更加分散。这可能导致决策效率下降，权力中心化，从而形成利益集团，对社会公正造成影响。此外，由于涉及到大量财政资源，相关部门之间的协调与沟通也成为一个重大问题。
不利于市场导向
生态补偿政策通常要求企业或个人为其活动所产生的人类活动负面影响付费。这一措施在一定程度上限制了企业自由竞争，不利于市场经济健康发展。特别是在那些依赖特定产业为主体的地方，如果过度依赖生态补偿基金来维持当地经济，就容易忽视产业结构升级和多元化发展。
对农业生产影响显著
对农业生产来说，生的税收将直接增加种植成本，使得农民产品价格上涨，加剧了食品价格压力。而且，因为这些费用往往无法完全转嫁给消费者，所以很多时候是由农户自己承担，从而严重削弱他们的小规模家庭经营能力，最终威胁到农业生产稳定性和粮食安全。
