一、经济效率的考量
在考虑加强生态补偿制度时，我们不能忽视的是，过度的补偿可能会对企业造成巨大的经济负担。这些成本最终将转嫁给消费者，这不仅影响了企业的竞争力，也可能导致产品价格上涨，从而对社会整体经济产生负面影响。
二、市场机制的自我调节
市场是一种有效的资源配置方式，它通过价格机制来反映资源稀缺性和需求变化。如果生态补偿制度过于完善，它可能会干扰市场机制，使得资源配置变得不够灵活和高效。这种情况下，政府需要介入进行微调，而这本身就是一种成本，并且容易出现滥用权力的风险。
三、技术创新与适应性的重要性
环境保护并不是一成不变的事务，它需要不断地适应自然环境和技术进步。在一些领域，比如生物技术或清洁能源等，新兴技术可以帮助减少对自然资源的依赖，因此，加强生态补偿制度可能会抑制这些积极发展趋势。同时，如果我们过分依赖补偿制度而忽视科技创新，那么长远来看，将无法解决环境问题。
四、国际合作与标准化的问题
不同国家对于生态价值的认定标准并不相同，这使得跨国公司在全球范围内运营时难以实现统一管理。这就要求每个国家都建立自己的生态补偿体系，但这也意味着一个国家为了遵守其他国家较为严格的规定而增加了额外开支，甚至还要承担起协助他国实施相关政策所需的一部分费用，这显然是不合理且不可持续的情况。
五、文化差异与价值观念
不同的文化背景下，对于自然资源利用与保护有着不同的价值观念和传统习惯。在某些地方，采伐森林或开发矿产被认为是向往先辈留下的财富；而在另一些地方，则更倾向于保护原生的土地，以维持当地居民生活方式。此时，加强生态补偼制度恐怕会引起社会矛盾激化，不利于实现可持续发展目标。
六、监管执行力度有限的问题
即便是在法律上加强了生态补偽制度，如果监管执行力度不足或者执法过程中存在腐败现象，那么整个系统就会失去其预期效果。而这一点也是当前许多国家面临的一个挑战，因为提升监管能力是一个漫长且艰难的人类工程任务，没有此前准备和基础建设，就很难期待立竣成效。
