选择合适的滤膜，关键在于它与待过滤液体（水性溶液、有机溶液或两性溶液）的化学相容性。尼龙膜和亲水PTFE膜因其广泛的化学相容性，主要应用于HPLC相关的过滤，对水性溶液和有机溶液均可使用。亲水PVDF和PES膜由于低蛋白吸附特性，主要用于蛋白质溶液的过滤，也适用于温和有机溶剂的过滤。而疏水PTFE膜则以其广泛化学相容性而闻名，是处理有机溶剂的理想选择。MCE膜多用于对水性的操作，如分析监测。
聚醚砜（PES）滤芯采用德国进口材料，以高亲水性能、低蛋白吸附著称，最适合进行水性介质除菌处理。而聚四氟乙烯（PTFE）分为亲水型与疏水型双种，其绝对精度兼具且具有宽泛化学环境适应能力，可用於气体除菌以及各种酸碱及有机物品之過濾。
聚偏二氟乙烯（PVDF）同样以親、疏兩種类型出现，其绝对精度也堪称一流，并能承受广阔范围内化學環境，同时亦適合氣體除菌以及酸碱及有機物品之過濾任務。
尼龙纺织机械制成的人造纶膜由N6與N66兩種類型組成，並保持絕對精度，適用於含有人造纶材料或其他類似物質之處理工作，而非金属塑料如聚丙烯PP則在應用上更加普遍，不僅限於澄清過濾還包括預過濾颗粒杂质等多個階段，用途廣泛；至於混合纖維素（MCE），這是一種親 水性的筛網，因為它拥有较低蛋白吸附量，所以更適合進行含有人类血清白蛋白或其他生物大分子的純化操作。
最後，活性炭纤维ACF不但提供了较高纯净级别还能去除异味并脱色，有助于净化各种含污染物的大量工业废料；而玻璃纖維GF則是另一大常見選擇，它們可以作為預過濾器來排除顆粒狀雜質，在某些情況下甚至可以應用到氣體處理中。
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